審計署2009年第五號審計結果公告顯示，渤海水污染防治存在措施不到位、海域監督管理粗放、部分資金征管使用不規范等問題。
5月22日，審計署公布了《渤海水污染防治審計調查結果》。2008年3月至9月，審計署對環渤海地區2006年至2007年水污染防治情況進行了專項審計調查，重點調查了天津、大連、營口、盤錦、錦州、葫蘆島、唐山、秦皇島、滄州、濱州、東營、濰坊和煙臺13個市政府及其所屬環保、海洋、發展改革委、財政、建設等部門。
結果顯示，渤海水污染防治問題重重。
石油化工等排放大戶超標排放
水污染防控措施落實不到位，是審計發現的主要問題。石油化工、造紙和印染等重點監測企業甚至超標排放。
審計公告指出，2007年，13市正常生產的180戶國家重點監控廢水排放企業中，有41戶廢水超標排放，其中35戶屬于石油化工、造紙和印染等污染物排放大戶，達超標總數的85%。
2007年，七個市的城市污水處理率低于全國60%的平均水平。與2005年相比，13市2007年城鎮生活污水中排放的化學需氧量（COD）增長7%。
這主要是因為污水處理能力不足。13市“十五”期間計劃投入63億元建設86座污水處理廠，截至2007年底，仍有14.5億元資金沒有到位，23座污水處理廠尚未開工建設；而“十一五”期間計劃建設的146座污水處理廠，有71座未開工建設，僅完成計劃投資的21%。
即便是已經運行的污水處理廠，審計結果顯示，有18座（占35%）處理后的水質和污泥不達標。十座垃圾處理場中，有六座將收集的62萬噸垃圾（占收集總量的31%）簡易填埋或露天堆放。
違法違規用海面積達189平方公里
由于渤海沿岸一些地方政府拆分項目審批、海洋部門違規批準和用海單位違法使用等原因，審計調查發現，2006年至2007年間違法違規用海面積達189平方公里，欠繳海域使用金48.7億元。
海域監督管理粗放也是渤海水污染問題的主要原因之一。審計結果報告指出，有的地方和單位對海洋傾倒廢棄物的管理薄弱。截至2007年底，渤海16個臨時性海洋傾倒區中，有七個已超過使用期限而未按規定封閉。
個別地方政府甚至干預海洋執法，出現主管部門違規審批傾倒和單位擅自傾倒行為。此外，對圍填海項目的開發利用控制底線不完備，改變了海洋生態環境，也加劇了污染。
主管部門違規減免處理費2.95億元
2006年至2007年，審計調查范圍內的政府和轄區企業投入治理污染資金351.13億元，但部分資金征管使用不規范。
據審計調查不完全統計，13市少征排污費和污水處理費5.78億元，占應征額的15%。其中，主管部門和代收單位違規減免2.95億元，繳費單位欠繳2.83億元。
部分專項資金沒有按規定使用。審計調查發現違規使用資金6.07億元，由于污水處理費未納入財政專戶管理，被挪用于補充環保部門經費和污水處理費代收企業生產經營的資金達5.3億元。
在審計調查的獲得排污補助的471個企業污染治理項目中，有151個未按期完成。盤錦市將1611萬元排污費平均分配到152個項目，每個項目10.6萬元，難以形成治理合力。
2006年至2007年，13市曾安排使用3.44億元海域使用金。但由于對具體用途的規定不明確，有2.22億元返還給用海單位，7072萬元用于彌補海洋部門經費，只有5194萬元用于海域保護和管理。
上游地區陸源污染嚴重
審計署農業與資源環保審計司司長黃道國在答記者問中指出，渤海污染的責任并不全在于13個市，因為除了城市人口增加，工業廢水排放，污染防治工作不力，渤海受納污染物的60%至70%來自13市之外的上游區域，根本原因在于上游地區的陸源污染。
此次審計調查發現，目前陸源超標排放現象依然嚴重，環渤海沿岸共監測陸源入海排污口96個，其中超標率為82%。對重點排污口鄰近海域進行的監測顯示，83%的排污口鄰近海域水質不能滿足所處的海洋功能區水質要求，44%的排污口鄰近海域水質為四類或劣四類。
黃道國呼吁，從可持續發展的高度，要像保護基本農田一樣建立和完善嚴格的渤海海域保護制度和機制。
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