不宜過多飲用
許多人認為酸奶營養價值較高且含有益健康的嗜酸乳桿菌。便認為多飲有益無害。實際上，過多飲用酸奶會造成某些營養物質暫時過剩而可能引發代謝障礙，特別是嗜酸乳桿菌群攝入過多會導致腸道中原有的微生物菌群生態平衡失調，從而引發某些腸道疾病。
不宜煮沸飲用
酸奶中的嗜酸乳桿菌是活的細菌營養體，若煮沸，活菌變為死菌，使菌體失去其特有的保健功效。當然，也不要用開水沖服，以免嗜酸乳桿菌群被殺滅或使其活力下降。
不宜空腹飲用
嗜酸乳桿菌的存活與胃腸道中的酸堿度(PH值)密切相關。據醫學研究部門的細菌學培養試驗結果表明，嗜酸乳桿菌在PH值5.4以上的環境中生長繁殖良好，而在PH值2以下則難以存活。如空腹時喝酸奶，此時胃液的PH值一般在2左右，嗜酸乳桿菌將被殺滅或使活力嚴重下降，從而達不到酸奶應有的保健功效。因此，喝酸奶的最適宜時間應在飯后2小時以內，此時胃液的PH值一般已升至5左右，較適宜于嗜酸乳桿菌的存活與生長，從而有利于發揮其獨特的保健功效。
不宜與藥物同服
飲用酸奶前后最好不要服用藥物，特別是紅霉素、氯霉素、磺胺類藥及其它抗菌素藥物，以免酸奶中的嗜酸乳桿菌被殺滅或使活力下降。同樣，飲酸奶前后最好不要喝濃茶。
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