6月5日，衛生部副部長陳嘯宏、辦公廳副主任毛群安在四川省衛生廳向媒體通報災區防疫情況，呼吁災區群眾提高防疫意識，安全飲食，正確處理垃圾和糞便，嚴防大范圍傳染病的發生。
據介紹，災區防疫工作目前已經做到鄉村全覆蓋，保證只要有災民的地方就有防疫工作。少數道路不通的山村，也已通過直升機空降的方式安排了防疫人員長期駐扎指導工作。
毛群安說，地震初期，人們一般擔心遇難者的遺體和動物尸體會成為傳染疾病的危險因素，但就目前情況來看，現在災區最容易引發傳染病的是生活垃圾和糞便。災區群眾安置點人數多、密度大，現在正值炎熱天氣，帳篷溫度高，防疫工作重要而艱巨。衛生防疫部門已經向群眾發放了宣傳資料上千萬冊，提醒災民注意飲水和食品安全，正確處理生活垃圾和糞便，養成健康的生活習慣，嚴防大范圍傳染病的發生。
目前，衛生防疫部門除了進行常規防疫外，重點保障食品和飲用水安全，對災民集中供水、供餐，還對易感染人群，如兒童，接種疫苗。對災區發生的零星傳染病病例實行“日報告”和“零報告”（即每天上報數據，沒有病例則上報“零”）制度，嚴格監測和監控災區可能發生的疫情。
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