鉆井健康、安全與環境管理體系程序建立后，如何具體將其應用到實際生產活動中去，使其在實際生產活動中發揮其應有的作用，這也是健康、安全與環境管理體系建立的真正目的。
在鉆井健康、安全與環境管理體系的實施過程中，由于體系中規定的方針、目標和表現準則、各組織機構的職責、程序和工作指南，以及應急計劃都已經頒布，這就要求公司的各級管理人員和全體員工要嚴格遵照執行。
例如按照上述HSE管理機構圖（圖2），在公司HSE管理體系的實施過程中，“公司經理和公司HSE管理委員會主任”應遵照公司的健康、安全與環境方針制定戰略目標和高層次活動計劃，并對整修管理體系的運行提供資源的支持和保證；“鉆井施工作業公司管理層”采用計劃和工作程序的形式指導鉆井HSE管理體系運行的各項活動；“現場HSE管理小組組長”（包括施工作業隊經理、鉆井隊環保員等）按照已經頒布的HS胳項工作指南、操作手冊完成具體工作任務。
由此看來，只有各層次各司其職、各負其責，在鉆井活動中做到全員參與，同時對HSE表現進行有效監測，對HSE管理過程及時進行評審和審核，及時發現和糾正活動、任務或程序中存在的問題，才能確保健康、安全與環境管理體系的順利實施，實現健康、安全與環境目標的持續發展。
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