目前，全國各級道路運輸管理機構共有管理人員13萬人，直接承擔著維護道路運輸市場競爭秩序，保障道路運輸及相關業務經營、旅客、貨主及其他消費者的正當權益的職責，其執法行為與群眾利益密切相關。多年來，道路運輸管理人員為建立和健全道路運輸市場秩序作出了重要的貢獻，但同時也暴露出一系列的問題，存在諸如亂審批、亂收費、亂罰款、非法開展經營活動等違法違紀現象，引起黨和政府、社會各方面的廣泛關注。在交通部2001年印發的《關于整頓和規范道路運輸市場秩序的若干意見》中，將“運政管理隊伍人員素質明顯提高，按照市場經濟要求，實現管理職能轉變，行政管理和行政執法行為更加規范”作為基本建立和完善全國統一開放、公平競爭、規范有序的道路運輸市場體系目標和具體體現，并明確提出要規范行業管理和行政法行為，查處道路運輸管理機構在經營許可、線路、車輛審批中的不規范、不公正現象，糾正執法不嚴、違法不糾、以罰代管、收費放行的做法，清除執法隊伍中以權謀私、與不法經營業戶內外勾結、中飽私囊的腐敗分子。因此，嚴格規范道路運輸執法行為，嚴肅查處道路運輸管理人員的違法違紀行為，對于整頓和規范道路運輸市場秩序，具有十分重要的意義。
條例第七十七條規定：違反本條例的規定，道路運輸管理機構的工作人員有下列情形之一的，依法給予行政處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任：
（一）不依照本條例規定的條件、程序和期限實施行政許可的；
（二）參與或者變相參與道路運輸經營以及道路運輸相關業務的；
（三）發現違法行為不及時查處的；
（四）違反規定攔截、檢查正常行駛的道路運輸車輛的；
（五）違法扣留運輸車輛、車輛營運證的；
（六）索取、收受他人財物，或者謀取其他利益的；
（七）其他違法行為。
針對道路運輸管理工作中的突出問題，本條規定了六類比較典型的違法行為，同時又以第七項“其他違法行為”作為兜底條款。
（1）不依照本條規定的條件、程序和期限實施行政許可。
道路運輸經營及相關業務直接關系著公共安全和廣大人民群眾的人身、財產安全，依據行政許可法的規定，條例明確了從事道路運輸經營及相關業務的許可條件、程序和期限。行政機關在審查申請者依法益處的從業申請時，應當嚴格按照條例規定的程序和權限進行，真正做到審批活動的公開、公平、公正、便民、高效。不得搞暗箱操作，不得因申請者在地位、經濟條件、性質、地域上差異而實行歧視待遇、不得故意拖延刁難，更不得以權謀私、索賄受賄、貪贓枉法。對于道路運輸管理機構工作人員在行政許可中的違法行為，任何單位和個人都有權舉報，交通主管部門、道路運輸管理機構以及監察部門、司法機關等要依法查處。
（2）參與或者變相參與道路運輸經營以及道路運輸相關業務。
道路運輸管理機構是國家依法設立的專門從事道路運輸市場秩序管理的事業型單位，根據本條例第七條第三款的規定，道路運輸管理機構獲得負責具體實施道路運輸管理工作的授權，依法行使道路運輸管理職權。這種道路運輸管理職權的設定和行使不是為了行政主體自身的私利，而是為了國家和社會的公共利益。道路運輸管理機構及其工作人員不得利用法規授予的公共管理職權謀取私利。《國家公務員暫行條例》第三十一條規定，國有公務員必須嚴格遵守紀律，不得經商、辦企業以及參與其他營利性的經營活動。雖然目前絕大部分道路運輸管理人員屬于事業編制，但是從擔負的公共管理職能看，與國家公務員具有相同的法律地位，應當對自己的身份有準確的定位，不能利用職權便利參與或者變相參與道路運輸經營以及道路運輸相關業務。這種政企不分、在道路運輸市場上既當裁判員又當運動員的做法，存在嚴重的弊端，無助于道路運輸市場秩序的規范，只會進一步擾亂道路運輸市場，背離了授予其道路運輸管理職能的立法原旨。經過多年的整頓，絕大多數道路運輸管理機構政企不分的歷史遺留問題得到了很好地解決，但是在一些地方還仍然存在。如某縣運管所為了創收，非法設置“勞務費”，引起群眾極大不滿。又如某地道路運輸機構工作人員利用職權向過往車輛及駕駛人員強制推銷各種車輛設備、配件和宣傳品等，或者在公路或者城市入口設置強制性車輛沖洗站，攔截過往車輛強制沖洗。這些參與或者變相參與道路運輸經營以及道路運輸相關業務的違法行為，嚴重侵豐了廣大人民的根本利益，破壞了道路運輸管理執法隊伍的整體形象，甚至直接構成犯罪。
（3）發現違法行為不及時查處。
建設全國統一的道路運輸市場，維護市場秩序，加強市場監管，保障公平競爭，打擊擾亂市場秩序和經營欺詐等違法行為，是道路運輸管理機構的重要職責。當前，道路運輸管理機構要切實加大對道路運輸市場的監管力度，把培育市場體系、監督市場運行、維護公平競爭、創造良好的市場環境，作為自己的首要任務，堅決打擊倒客、宰客、價格欺詐、使用假冒零配件維修、無照經營、超載運輸、欺行霸市、惡性競爭等違法經營行為。堅決糾正執法不嚴、違法不糾、以罰代管、收費放行的現象；對無證非法經營的黑車、黑戶要依法嚴格查處，通過加大他們違法行為的成本代價遏制其違法動機；對于極少數與黑惡勢力勾結，依靠不正當手段爭搶客貨源，霸占客貨運輸線路經營權、欺行霸市等嚴重違法行為，要在當地政府的統一領導下，取得公安、司法機關的支持和配合，依法嚴懲，凈化市場環境，維護好道路運輸市場秩序。在道路運輸市場秩序的建立、健全進程中，各種違法行為更為猖獗，各級道路運輸管理機構及其工作人員的執法任務非常繁重，要加大打擊力度，依據法律授予的職權及時查處違法行為，不得怠于行使職權，更不得徇私舞弊放縱違法行為。
（4）違反規定攔截、檢查正常行駛的道路運輸車輛。
當前道路運輸管理執法工作中隨意攔截運輸車輛的現象比較普遍，一方面侵犯了道路運輸經營者合法開展營運的權利，造成“公路三亂”；另一方面又極易造成交通事故，危及廣大道路運輸管理人員的生命安全。這種現象已經引起國家的高度重視。1994年國務院發布的《關于禁止在公路上亂設站卡亂罰款亂收費的通知》就明確規定，在征費稽查站執行運政管理任務的工作人員，不得違反規定隨意攔截車輛和亂收費、亂罰款。交通部2002年《關于進一步做好治理公路三亂工作的通知》進一步要求，道路運輸管理人員上路檢查要嚴格按照有關規定執行，同時加強與公安車管部門協作，在車輛年審環節加大對規費繳納情況的稽查力度，減少路面稽查工作；運政管理人員不得上路對車輛超載、超限實施檢查和處罰，要把執法地點放在汽車站場、貨物集散地等場所。據此，條例第五十九條規定，道路運輸管理機構的工作人員應當嚴格按照職責權限和程序進行監督檢查，不得亂設卡、亂收費、亂罰款；將監督檢查的重點放在道路運輸及相關業務經營場所、客貨集散地進行監督檢查。道路運輸管理機構的工作人員在公路路口進行監督檢查時，不得隨意攔截正常行駛的道路運輸車輛。
（5）違法扣留運輸車輛、車輛營運證。
道路運輸管理機構的一項重要職責是查處道路運輸經營及相關業務的違法行為。在實施道路運輸監督檢查過程中，道路運輸管理人員對于沒有車輛營運證又無法當場提供其他有效證明人的營運車輛，可以予以暫扣，待查清是否屬于非法營運的黑車后，再作進一步的處理；對于存在嚴重違法情節又必須繼續形式完成運輸任務的道路運輸車輛，道路運輸管理人員可以暫扣車輛營運證，簽發代理證，待道路運輸經營者完成運輸任務后再接受道路運輸管理機構的處罰。這是為了打擊各種道路運輸違法行為、維護道路運輸秩序所必需，但同時又極易構成道路運輸經營者合法權益的侵害，道路運輸管理人員必須合法、慎重行使，防止權力的濫用。這里所講的違法扣留，既包括依法不應正扣留而扣留也包括不按法定程序進行扣留。
（6）索取、收受他人財物，或者謀取其他利益。
道路運輸管理機構承擔著道路運輸的管理職能，根據法規的授權行駛道路運輸及相關業務經營許可權、監督檢查權、處罰權。在行使職權的過程中，道路運輸管理機構及其工作人員應當遵循公開、公平、公正、便民、高效的原則，依照法定的權限和程序執行。不得利用職權索取、收受他人財物，或者謀取其他利益，搞權力尋租。目前各地道路運輸及相關業務經營者普遍反映申請客運班線太難、期限過長，除了現有審批程序設置上的原因外，一些道路運輸管理人員利用職權向申請者生拿硬卡、牟取非法利益的違法行為也是一個重要的外部原因。國務院2003年公布實施的《無照經營查處取締辦法》第十九條規定：“工商行政管理部門、許可審批部門及其工作人員濫用職權、玩忽職守、徇私舞弊，未依照法律、法規的規定核發營業執照、許可證或者其他批準文件，未依照法律、法規的規定吊銷營業執照、撤銷注冊登記、許可證或者是其他批準文件，未依照本辦法規定的職責和程序查處無照經營行為，或者發現無照經營行為不予查處，或者支持、包庇、縱容無照經營行為，觸犯刑律的，對直接負責擴管人員和其他直接責任人員依照刑法關于受賄罪、濫用職權罪、玩忽職守罪或者其他罪的規定，依法追究刑事責任；尚不構成刑事處罰的，依法給予降級、撤職直至開除的行政處分。”
（7）其他違法行為。
以上六項顯然無法涵括道路運輸管理工作中的所有違法行為，據此本條第七項以“其他違法行為”作兜底處理。其他違法行為既包括違反條例規定的行為，也包括條例雖未明確規定但根據行政處罰法等其他法律、法規、規章以及內部紀律應給予處罰的違法行為。比如，根據條例第六十三條的規定，道路運輸管理機構的工作人員在實施道路運輸監督檢查過程中，對沒有車輛營運證又無法當場提供其他有效證明的車輛予以暫扣的，應當妥善保管，不得使用，不得收取或者變相收取保管費用。依法暫扣運輸是行使法定職權，其結果是暫時轉移了被扣留機動車的占有權，機動車的所有權、使用權沒有轉移，使用依法暫扣的車輛或者收取、變相收取保管費用，違反了法律和紀律的規定，侵犯了運輸車輛所有人的合法權益，應當予以制裁。再如，條例第六十二條規定，道路運輸管理機構的工作人員在實施道路運輸監督檢查過程中，發現車輛超載行為的，應當立即予以制止，并采取相應措施安排旅客改乘或者強制卸貨。如果道路運輸管理人員在為規收取罰款或者其他費用后，不采取相應制止措施，就違背了條例對其執法行為的要求。此外，道路運輸管理人員超范圍執法、重復收費、隨意設站立卡、不具有執法資格而執行檢查收費和罰款任務、收取罰款不開具罰款收據或者不如實填寫罰款數額等都屬于違法，應依據本項規定給予制裁。