流域水環境具有不可分割的整體性，但行政區劃卻使這種整體性被打破。在經濟利益的驅動下，如果上游政府發展水污染項目，就會出現把稅收裝入腰包，污染物卻轉移到下一個行政區域的情況。
同樣，在進行環保考核時，下游政府也會把責任推給上游。行政區劃誘發的地方保護主義導致了跨行政區水污染防治中的低效甚至無效，從而引發資源環境日趨惡化，這幾乎成了中國水污染治理的一項制度痼疾。
如今，難題正隨著生態補償制度的實施逐步破解。
2008年4月9日，云貴川藏渝等西南5省(區、市)及相鄰地區共計11個省(區、市)在四川省成都市共同簽署《西南地區及其相鄰省區市跨省流域(區域)水污染糾紛協調合作備忘錄》，嘗試建立起區域水環境安全糾紛協調機制。
很多省份也在省內小流域或者全省范圍內嘗試破解全流域水污染糾紛的難題。
江蘇省在太湖流域部分主要入湖河流及其上游支流開展試點，建立跨行政區交界斷面和入湖斷面水質控制目標。上游設區市出境水質超過跨界斷面控制目標的，由上游設區市政府對下游設區市予以資金補償。相比之下，我省的生態補償制度更為詳細和完善，力度也更大。
2008年7月，國家環境保護部專門出臺了《關于預防與處置跨省界水污染糾紛的指導意見》，國家層面醫治跨界水污染頑癥的努力更進了一步。
隨著跨界水污染引起全社會的共同關注，破解的辦法也會越來越多，我們期待著生態補償制度能夠推廣開來，并在我省節能減排、環境改善等方面發揮更大的作用。
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