對于轉基因技術的安全性爭論從來沒有消失，轉基因技術的研究和開發從來沒有停止——這是轉基因技術目前乃至誕生之日起一直面臨的尷尬境地。隨著轉基因生物種類越來越接近人類生存基本條件，這種討論也隨之越來越激烈。 
　　水稻是我國最主要的糧食作物，居全國三大糧食作物之首，稻米是全國60%以上人口的主食。1998-2002年，我國水稻播種面積年平均29.9百萬公頃，僅次于印度；稻谷年均總產188.1百萬噸，占世界稻谷總產的31%，居世界第一。近年，中國水稻種植面積和總產分別占糧食作物種植面積和總產的27.0%和40%，占全國谷類作物種植面積和總產的35%和46%。因此，水稻在中國現代農村經濟和保證糧食安全方面具有舉足輕重的地位。 
　　但是，水稻生產面臨兩大問題，一是病蟲害頻頻爆發，二是產量和質量的矛盾沖突。據報道，我國每年用于控制蟲害的農藥殺蟲劑及施藥費用達10億人民幣以上。隨著現代生物技術的發展，我國也開展了農業轉基因技術在水稻生產上的研究。目前發展比較成熟的有轉Bt基因抗蟲水稻和轉Xa21基因抗白葉枯病水稻。鑒于轉基因水稻可能會減少水稻的病蟲害、減少農藥的使用和增加產量，從而存在潛在的重大經濟效益，一些生物技術專家極力提倡加快轉基因水稻的商業化生產，并為促進農業部盡快批準轉基因水稻的商業化生產而施加壓力。 
　　而另一方面，一些生態環境專家則對轉基因水稻的潛在環境影響深表憂慮，認為轉基因作物存在潛在的健康和生態風險，由于轉基因作物有自我繁殖和與近緣物種雜交的能力，大規模種植可能導致生態環境災難，而且難以修復和逆轉。由于中國是水稻的原產地和遺傳多樣性中心之一，一旦因基因漂移而造成水稻遺傳多樣性的破壞，亦會從長遠上威脅到農業的可持續發展和糧食安全。 
　　是否批準轉基因水稻商業化種植或是否需要加快批準轉基因水稻商業化種植已成為一個敏感的爭論議題。 
　　2004年底農業部的一次會議，成為以轉基因稻米為核心的轉基因技術再次被大討論的導火索，雖然會議內容沒有公開，但是，似乎有許多敏感的鼻子嗅到了轉基因稻米有產業化的苗頭，以轉基因稻米是否安全，乃至是否威脅整個中華民族生存的爭論開始了，甚至于置疑到科學家的個人道德問題。 
　　我國轉基因抗蟲棉、番茄、甜椒、矮牽牛花獲得了安全證書。近期，將繼續加快轉基因抗蟲棉的推廣應用。 

　　反對者的觀點 
　　對于轉基因稻米的食用安全的置疑，研究者不能證明人類食用轉基因水稻完全沒有害。反對者認為，轉基因水稻研究人員用轉基因稻米喂養老鼠三個月沒有發生危害，不足以證明人類食用50年沒有危害。擔心外來基因有可能使植物出現新的毒素和過敏原，而現時大部份的風險評估只是短期的，轉基因食品的長遠健康風險仍然未有公論。 
　　其次，轉基因稻米的環境風險問題；國家環保總局南京環境科學研究所薛達元研究員接受本刊記者采訪時指出：轉基因作物本身可能出現雜草化，或透過基因流將外源基因的人工抗性轉入野生近緣種，使野生近緣種變為雜草或超級雜草，而使農藥使用量增加。在大量種植轉基因耐除草劑作物的美國、阿根廷和加拿大已經出現超級雜草問題。 
　　轉基因作物可與其親緣相近的栽培種或野生種之間通過花粉傳播而發生基因交換，而使外源基因漂移到親緣相近物種中，從而破壞作物遺傳多樣性，中國是水稻原產國之一，水稻品種資源豐富，并廣泛分布有三種野生稻，轉基因水稻的商業化種植可能對我國水稻遺傳多樣性產生負面影響，并可能引起雜草稻的雜草抗性等問題。例如，因農民種植美國轉基因玉米而使玉米原產地墨西哥的地方玉米遺傳多樣性遭到污染，對生物多樣性造成重大危害。 
　　轉基因作物可能導致田間非靶標害蟲的上升，例如在中國種植的轉Bt基因抗蟲棉花雖然可以有效抵抗棉鈴蟲，但本來不嚴重的次生害蟲的危害卻大幅上升。 
　　此外還有社會經濟影響和貿易方面的因素：轉基因食品對人類健康的影響尚在爭論之中，轉基因稻米作為食品還存在健康的潛在風險，在市場上不易被消費者接受，并可能影響我國農產品的出口貿易。 

　　研究者的聲音 
　　面對反對者的置疑，轉基因技術專家有自己的堅持。 
　　“轉基因技術已經17年了，就技術本身而言，是成熟的，”中科院遺傳與生物學研究所的朱禎研究員告訴記者，他所領導的課題組進行抗蟲轉基因稻米研究。 
　　在轉基因稻米的食用是否安全的問題上，朱禎研究員說：“反對者提出這個問題的實質是證偽，這本身缺乏一個科學的態度，更象是刁難。” 
　　“如果詰難轉基因水稻對環境會造成污染，這也是不公允的，因為常規水稻一樣會對環境造成污染，這并不是轉基因水稻特有的，轉基因技術與傳統育種技術沒有本質的區別，只是采取的手段不同而已”。 
　　朱禎研究員還指出：如果轉基因稻米大規模的種植，國家將有一套嚴格的管理、監控體系，預防和避免任何可能的危害出現，所以，轉基因稻米是否產業化的原因不在于轉基因技術本身，而是國家農業發展的政策、乃至各種國家利益的權衡。 
　　最后，朱禎研究員打趣：“如果說轉基因就會產生危害的話，那么很多藥品是無法被批準的”。 

　　政府的態度 
　　記者從農業部獲悉，目前，世界上僅有轉基因大豆、棉花、玉米、油菜4種作物大面積種植。自1997年以來，我國轉基因水稻、油菜、玉米、小麥、馬鈴薯、大豆等作物已相繼被批準進入環境釋放，在國家科技計劃的支持下，我國轉基因水稻的研究取得顯著進展。向農業部提出安全評價申請的轉基因水稻，涉及抗蟲、抗病、抗除草劑、抗逆、耐貯藏等多種性狀，正在進行環境安全與食用安全等方面的安全評價，目前尚無一例獲得農業轉基因生物安全證書。 

　　市場的反應 
　　轉基因技術是否產業化，最直接作用的是消費者，消費者對此持什么態度？記者采訪了一些消費者，大多數消費者對轉基因水稻技術不了解。但是，當記者詢問在轉基因與非轉基因稻米之間選擇的話，消費者的首選是什么的時候，很多消費者毫不猶豫的選擇非轉基因稻米，原因很模糊，一位消費者說：“既然大家懷疑了，就可能有問題吧”。與此同時，記者接觸到了一些銷售商，一位不愿透露身份的某大型超市負責人說：“是否銷售轉基因水稻或者轉基因食品，商家主要從利益和消費者的需求出發，完全是一種商業行為，其他的因素都是次要的”。